روش نیلینگ علاوه بر اینکه مزایایی دارد بالطبع دارای معایبی هم است:

• سیستم نیلینگ در مناطقی که جریان آب زیاد است و یا در مکان‌هایی در مجاورت سیستم فاضلاب و چاه‌‌های آب مناسب نیست.
• اجرای روش نیلینگ نیاز به مهارت و دانش و تجربه بالا و بررسی‌های کارشناسی دارد.
• اگر در محل اجرای نیلینگ مانعی مانند تأسیسات شهری و غیره وجود داشته باشد دیگر نمی‌توان آزادانه طول عمق گمانه‌ها و شیب آنها را اجرا کرد.
• در مجاورت سازه‌های حساس، قدیمی و فرسوده نمی‌توان این روش را آزادانه اجرا کرد.
• روش نیلینگ در سطحی پایین‌تر از سطح آب زیرزمینی نباید اجرا شود ولی در صورت لزوم ابتدا باید آب موجود در خاک از طریق زهکشی تخلیه شود و خاک کاملاً خشک باشد.
• سیستم نیلینگ یک سیستم دائمی نیست و طی گذر زمان آب‌های سطحی به آن نفوذ می‌کنند، میلگردها دچار خوردگی می‌‌شوند، خاک طی فرآیند هوازدگی دیگر مقاومت اولیه خود را ندارد و ممکن است فروبریزد.
• پایدارسازی گودبرداری توسط روش نیلینگ برای خاک‌‌های آلی، خاک‌‌هایی که ریزدانه و بسیار سست هستند و همچنین خاک‌هایی که درشت‌ دانه با دانه‌بندی نامناسب و فاقد چسبندگی هستند پیشنهاد نمی‌شود. ولی از طرف دیگر برای خاک‌هایی که ریزدانه سخت و چسبنده هستند و همینطور برای خاک‌های درشت ‌دانه که مقداری درجه چسبندگی دارند، مناسب است.